Вскоре по вступлении своем на императорский престол он издал эдикт, которым он объявлял всем христианским и языческим подданным империи свободу отправления их культа. В силу этого эдикта чтители древних богов, как и исповедники Христа, православные и еретики, получали одинаковые права на свободу своих религиозных убеждений. В то же время множество христианских епископов, вместе с прочими клириками, изгнанных в предыдущее царствование, были возвращены из ссылки. Объявляя свободу всем религиозным партиям, на которые были разделены верующие того времени, Юлиан, по свидетельству древних церковных историков и признанию самих языческих писателей, утешал себя надеждою, что христиане с большим ожесточением против прежнего будут продолжать свои религиозные распри и таким образом, сами того не замечая, станут содействовать ослаблению Церкви. Вместе с тем, через свой эдикт веротерпимости, он рассчитывал достигнуть для себя еще другой весьма важнейшей выгоды: он очень хорошо понимал, что христиане, разделенные между собою духом партий, не в состоянии будут соединиться для единодушного отпора против него в замышленной им борьбе с Церковью. В этих видах император нередко приглашал к себе во дворец представителей различных христианских партий под видом их примирения, а на самом деле для большего возбуждения их вражды.
Особенную благосклонность Юлиан оказывал предстоятелям ариан, новатиан, донатистов и других еретических обществ своего времени. Так он не удовлетворился одним возвращением арианского пресвитера Аэция, вместе с прочими духовными лицами, отправленными в ссылку в предыдущее царствование, но отправил к нему ласковое письмо с приглашением немедленно явиться к себе во дворец и подарил ему богатое поместье на острове Лесбосе. Юлиан постоянно вмешивался в споры православных с еретиками и всегда принимал в этих случаях сторону последних. Так, когда однажды возникли сильные раздоры в Кизике между жившими в этом городе новатианами и тамошним православным епископом Елевзием, он не замедлил воспользоваться этим случаем и отправил епископа в изгнание со всем его клиром, оправдывая свой насильственный поступок тем, будто бы Елевзий подстрекал народ к возмущению. Изгнанным донатистским епископам Юлиан не только возвратил свободу их вероисповедания, отнятую в силу правительственных распоряжений императора Констанция, но и отдал им во владение все их церкви, отнятые в предыдущие царствования. Поощряемые покровительством императорской власти, донатисты не замедлили открыть кровавые гонения против православных. Они изгоняли православных из церквей, разрушали алтари и нагло издевались над святынями, составлявшими предмет благоговейного поклонения православных.
Оказывая покровительство различным еретическим и раскольническим обществам и их представителям, Юлиан в то же время весьма строго поступал с православными епископами, в которых он видел одних обольстителей и виновников народных возмущений. В этом случае заслуживают особенного внимания его отношения к св. Афанасию александрийскому. В силу императорского эдикта, дозволявшего возвращение из ссылки христианским епископам, изгнанным Констанцием, св. Афанасий возвратился в Александрию и с большим усердием занимался обращением язычников к христианству; ему удалось крестить множество новообращенных, в том числе несколько знатных женщин. Успехи его в этом случае были настолько значительны, что возбудили серьезные опасения во многих ревнителях древнего культа, которые громко заявляли, что "если Афанасий будет оставаться епископом, то всех язычников привлечет в свое общество". Такая в высшей степени благотворная и полезная деятельность александрийского святителя на пользу православия не могла не возбудить против него в сильнейшей степени гнев и раздражение со стороны Юлиана. Юлиан приказал ему оставить кафедру и удалиться из города. В то же время император писал к Екдикию, префекту Египта. "Клянусь Сераписом! Если до 1-го сентября ненавистный богам Афанасий не будет изгнан из Египта, то чиновники, служащие под твоим начальством, будут подвергнуты штрафу. Тебе известно, что я не скоро осуждаю, но прощаю еще медленнее. Мне весьма неприятно, что чрез этого человека все боги находятся в презрении и из всех твоих действий для меня ничего не может быть приятнее, как изгнание из Египта Афанасия, – этого беспокойного человека, осмелившегося в мое царствование совращать в нечестие многих знатных эллиинских женщин". Узнав об императорском приказе, лишавшем св. Афанасия епископской кафедры и осуждавшем его на изгнание, православное население Александрии было чрезвычайно огорчено, однако, не теряло надежды удержать у себя любимого святителя и немедленно же решилось ходатайствовать пред императором об отмене такого сурового и несправедливого приговора. Неизвестно, отправили ли александрийские верующие свое ходатайство письменно или же с особою депутациею. Как бы то ни было, Юлиан остался непреклонным и отвечал решительным отказом на просьбу александрийцев. Прощаясь с своими приближенными, Афанасий, по замечанию Созомена, сказал им следующие знаменательные слова: "Удалимся, друзья, на короткое время; это только облачко, – оно скоро пройдет".