Сознавая основательность общих убеждений, и притом "по наставлению откровения", Киприан ради общей пользы решился скрыться, дав перед отбытием своим наставления пастве на время гонений и поручив одному пресвитеру распоряжаться его имуществом в пользу нуждающихся.
Однако же, гонение по отбытии епископа из города не утихло, но с каждым днем становилось ожесточеннее. И в это время осуществились опасения епископа Киприана. Испытание застало многих неготовыми, ослабевшими в вере, и они из страха смерти и из привязанности к благам земным отрекались от веры, соглашались совершать языческое жертвоприношение, или покупали себе ложные свидетельства в том, что совершили обряд. И таких отступников оказалось значительное число… Устоявших же в вере заключали в темницы, ссылали в рудники, предавали пыткам и смерти. Известия обо всем этом доходили до Киприана, и он, духом постоянно пребывая со своею паствою, изливал свою скорбящую за нее душу в письменных наставлениях и утешениях ей. Вместе с тем пожертвовал и всем оставшимся у него имуществом в пользу бедных христиан, чтобы спасти их от соблазна по причине нищеты склониться к отречению от веры. Церковнослужителей убеждал он бодрствовать над душевным состоянием христиан, ободрять немощных, содействовать восстановлению падших, и всем напоминал о молитве, как об единственном источнике силы для перенесения всяких испытаний. Относительно же устоявших в исповедании Христа, опасаясь, чтобы они не возгордились и не возмечтали о себе, писал: "Да пребудут они смиренны, и пусть те, которые с благородною смелостию исповедали веру свою, подают добрый пример и последующим поведением своим. Самое трудное испытание еще впереди. Господь сказал: "Претерпевший до конца спасется" (Матф. XXIV, 13). Да подражают они Иисусу Христу, Который, именно перед страстию Своею, показал высочайший пример смирения, умыв ноги ученикам Своим… Теперь, более чем когда-нибудь, они должны бояться впасть в сети врага, который охотно нападает на самых сильных, желая отомстить за претерпенное им поражение…"
Когда гонение на христиан (в 251 г.) ослабело, то Киприан возвратился в Карфаген.
Между тем, народ посетило другое бедствие: страшная язва, долго опустошавшая города и села. Тогда-то просияла любовь святителя не только к христианам, но и к язычникам. "Он расположил и примером и увещаниями употреблять все свое на помощь страдавшим от язвы, кто бы ни были".
"Не смотрите в лицо страждущего, – писал он в трактате о смертности, – они все – ваши братия, дети единого Отца небесного, и пусть язычники видят, что самая смерть не может угасить в христианине любви к врагам".
И под влиянием такого пастыря христиане с полным самоотвержением ходили за больными, хоронили умерших, — и в то же время, как язычники, в ослеплении своем, почитали их виновниками бедствия и требовали казни их, они спокойно и неутомимо служили всем безразлично, пренебрегая собственною опасностию. Киприан разделял общие труды, помогая страждущим, оделяя пищею и одеждою неимущих.
В 257 г. наступило новое гонение на христиан.
Когда императорский указ о преследованиях христиан был получен в Карфагене, то проконсул, призвав Киприана, потребовал от него, чтобы он отрекся от Христа и чтобы назвал ему имена всех церковнослужителей. "Я – христианин и епископ христианский, – спокойно отвечал Киприан, – не могу отречься от единого истинного Бога Христа, сотворившего небо и землю и все, что в них и на них. Ему мы, христиане, служим и молимся, молимся за всех людей и за императора". – Исполнить требование назвать имена оо. священнослужителей святитель также с твердостью отказался.
Проконсул стал угрожать Киприану изгнанием и заточением.
"Изгнание не существует для того, кто имеет Христа в сердце своем", – отвечал Киприан и после того был приговорен к ссылке в один небольшой городок, где целый год потомился старец в заточении, во многих тяжких лишениях, среди которых не утратил он, однако же, душевной бодрости и не переставал утверждать в вере христиан в переписке с ними и при тех случаях, когда они тайным образом успевали его посетить. И влиянию пастыря своего так подчинялись теперь верующие, что он даже принужден был удерживать их от излишней ревности, убеждал не подвергаться опасности произвольно, но с твердостью встречать ее, когда она представится, и ободрял тех, для которых уже начались испытания. "О, счастливы ноги, которые теперь обременены оковами, но скоро довершат славный путь ко Христу, – писал он им, – пусть злоба и ненависть стараются оковать вас, но от земли и скорбей вы не имеете ложа, где бы упокоить утомленные члены ваши, но Христос – ваш покой; скудною мерою дается вам хлеб, но не о хлебе едином жив будет человек, но о всяком глаголе, исходящем из уст Божиих".