Святой Златоуст в одно время сказал слово, в котором порицал всех вообще женщин за их хитрый и гордый нрав. Поняли это слово так, что Златоуст в нем намекал на императрицу, и донесли ей об этом. Императрица по этому поводу жаловалась императору и говорила, что если Златоуст оскорбляет ее, то, значит, оскорбляет и его. После этого события Евдоксия окончательно вооружилась против Златоуста, что доставило радость его врагам. Епископы, священники, диаконы и все вообще недовольные воспользовались этим случаем, чтобы соединиться и разом, со всею силою непримиримой ненависти, напасть на неустрашимого обличителя их пороков. Скоро составилось нечестивое соборище; нужен был только случай, чтобы исторгнуть святого епископа из среды любящей паствы. Этим случаем был приход в Константинополь монахов, изгнанных из пустыни Феофилом, патриархом александрийским.
Феофил, желавший некогда поставить на константинопольский престол вместо Златоуста Исидора, теперь гневался на него, и вот по какому поводу: одна богатая и благочестивая вдова дала Исидору тысячу золотых монет с тем, чтобы он на эти деньги купил разную одежду для бедных вдов и сирот; но вместе с тем просила его, чтобы он ни в каком случае не давал их Феофилу, так как она боялась, что Феофил, любя постройки, употребит деньги на них и таким образом не исполнит ее просьбы и оставит бедных без помощи. Исидор исполнил просьбу вдовы: раздал платье бедным. Вскоре Феофил узнал об этом и сильно рассердился на Исидора за то, что он не отдал ему денег. Феофил выдумывал на Исидора клеветы, подкупил лжесвидетелей против него, и Исидор был осужден и отлучен от св. таин. Лжесвидетели скоро раскаялись и говорили, что они ложно показали на Исидора, по наущению Феофила. Исидор, боясь за свою жизнь, недолго оставался в городе; он ушел в Нитрийскую пустыню, где провел свою юность. Его приход привлек и на пустынников гнев Феофила. Он ложно обвинил пустынников, будто они неправильно мыслят о Боге, созвав из своих епископов собор и произнес на них отлучение от Церкви. Монахи хотели найти защиту против Феофила в Константинополе, куда и прибыли. Иоанн Златоуст принял их, как того требовала христианская любовь, позаботился об их содержании в Константинополе, но до церковного общения, т. е. до причащения, не допустил, в силу церковных правил, как осужденных александрийским епископом. Он писал Феофилу о том, что пришедшие в Константинополь монахи право мыслят о Боге. Монахи, между тем, представили множество обвинений против Феофила императору: они просили передать дело на суд константинопольского столичного епископа.
Феофилу было послано приказание явиться в Константинополь. Но он счел за лучшее явиться не подсудимым, а судьею. Вступив в сношение с врагами Златоуста и созвав епископов разных городов, в числе которых были и низложенные Златоустом, он прибыл с ними в Константинополь для составления собора с целью суда над Златоустом. Отказавшись от гостеприимства Златоуста, он остановился в одном из царских домов.
Он не хотел даже ни видеться с Златоустом, ни говорить с ним, ни участвовать с ним вместе в молитвах. Святой Иоанн неоднократно посылал просить к себе Феофила, чтобы объясниться с ним о причине неудовольствия, но у Феофила далеко не было такой кротости и миролюбия, как у св. Иоанна. Феофил всячески старался низвергнуть Златоуста с кафедры. Для этого он старался сначала сойтись с его врагами, чтобы иметь в них себе поддержку. К этой цели он подходил всеми путями. Придворным и другим знатным лицам в Константинополе он сыпал деньги щедрою рукою; людей сластолюбивых он угощал пышными обедами; одних обольщал льстивыми словами, другим обещал высшие почести. Феофилу в этом случае помогали Севериан, епископ габальский, Акакий, епископ беррийский, и Исаак, епископ исаврийский.
Враги Златоуста боялись составить собор в Константинополе, опасаясь народа, любившего святителя. Поэтому обвинители составили собор в местечке, называвшемся "Дуб", и послали звать св. Златоуста для оправдания во взводимых на него обвинениях. Но св. Иоанн, видя в судьях своих одних врагов, не пошел к ним, требуя Вселенского собора для суда над собою. Собор, составившийся в Константинополе из 40 епископов для защиты Златоуста, отправил от себя трех епископов и двух пресвитеров святой жизни сказать Дубскому нечестивому собору, что никакой епископ не может быть судим вне своей епархии, и что их собор многочисленнее и большей важности, ибо он состоит из 40 епископов, между которыми находятся пять митрополитов. Но как скоро посланные епископы объявили свое мнение на соборе Дуба, то этот последний пришел в такое неистовство, что одного из посланных епископов подвергли биению, у другого истерзали одежды, а третьему повесили цепи железные, которые готовили св. Иоанну.