Изгнанничество это было, однако, непродолжительным. Будучи однажды в Антиное, как он сам рассказывал своей пастве, он подвергался опасности быть арестованным и преданным смерти. Тогда к нему прибыли аввы Феодор и Паммон и убедили его бежать в закрытой лодке Феодора и скрыться в Тавенне. Монахи тавенские начали тащить лодку бечевой, а архиепископ изливал свою душу в горячей молитве.
– Я спокойнее, – сказал он Паммону, – в гонении, чем в мире. Если я буду убит…
При слове "убит" оба старца, улыбнувшись, переглянулись друг с другом:
– Что вы смеетесь? – спросил архиепископ. – Неужели думаете, что я боюсь смерти?
– Нет, – отвечал Феодор, – в этот самый час твой враг Юлиан убит в своей персидской войне.
И это действительно было так. Преемник Юлиана Иовиан был другом Афанасия и сразу же отправил ему письмо с предложением вновь вступить в отправление своих высоких обязанностей. Афанасий уже находился, хотя и скрытно, в Александрии, и после этого он спокойно явился опять на своей архиепископской кафедре, как будто ничего не бывало"Жизнь и труды свв. отцов и учителей Церкви" Ф. В. Фаррара.>.
Местом рождения, воспитания и первоначальной деятельности Иоанна была Антиохия, – город, издревле любезный Христу, где немало времени и с великим успехом подвизались в проповедании Евангелия свв. апостолы Павел и Варнава, – город, "первый из всех городов украсившийся, как дивным венцом, наименованием христиан". Св. Иоанн родился около 344 года. Родители его, Секунд и Анфуса, принадлежали к лучшему антиохийскому обществу и исповедывали христианскую веру. Отец его занимал одно из почетных мест в ведомстве начальника сирийских войск. Вскоре после своего рождения Иоанн лишился отца, и единственною руководительницею его в жизни осталась мать, которая, при несчастии, ее поразившем, по своей молодости, сама, по-видимому, имела нужду в руководителе. Но Промысл, все устрояющий ко благу, даровал св. Иоанну в Анфусе не только нежнолюбящую мать, но и мудрую наставницу. Анфуса принадлежала к числу тех христианских жен, которые, по свидетельству самих язычников, были в то время опорою добронравия и истинного благочестия в христианских семействах. Слезами, увещаниями и собственным примером они отклоняли своих детей и мужей от скверн языческих и часто успевали разрушать все коварные обещания и козни Юлиана, старавшегося всех привлечь к язычеству. В молодых годах лишась своего супруга, Анфуса с покорностию Промыслу переносила свое тяжкое положение; подкрепляемая помощью свыше, она решилась не вступать вторично в брак и посвятить себя воспитанию сына. Он был для нее единственным утешением среди многих забот и горестей житейских, сокровищем ей от Бога дарованным, предметом ее попечений и пламенных молитв. Первые годы жизни св. Иоанн провел под надзором своей богобоязненной матери, и от нее получил первые спасительные уроки в христианском благочестии, которые имели сильное влияние и на всю последующую его деятельность. Анфуса старалась насадить в его сердце страх Божий, любовь к евангельскому закону и безропотную покорность судьбам Провидения. Думая приготовить сына к полезной общественной службе, она позаботилась дать ему основательное и обширное образование в различных науках. По ее распоряжению, Иоанн, достигнув почти двадцатилетнего возраста, стал слушать уроки красноречия у знаменитого в то время ритора Ливания.
Ливаний, софист, по выражению св. Иоанна, "более всех преданный языческому суеверию", всегда был жарким и деятельным приверженцем Юлиана, называл его "питомцем, учеником и сообщником духов", и превозносил его действия и сочинения против христианства. Анфуса, без сомнения, знала, какие опасности угрожают юным детям в училищах языческих. Но она хотела, чтобы от ее сына "не ускользнуло ничто хорошее, и чтобы ему ни в чем не отстать от трудолюбивой пчелы, которая со всякого цветка собирает самое полезное". В отношении к наукам, входившим в состав светского образования, Ливаний был одним из лучших наставников того времени; он много содействовал к развитию личных умственных дарований и св. Иоанна. Вообще, чрез уроки языческих наставников Иоанн обогатил свой ум познаниями в различных науках, ознакомился с образцами древнего красноречия и приобрел искусство силою слова глубоко действовать на сердце человеческое. Уже первые опыты его красноречия были таковы, что им удивлялись опытнейшие учители и судии словесного искусства. Сам Ливаний удивлялся необыкновенным успехам своего ученика и в собрании софистов с восхищением читал его речь, написанную в похвалу императору.