В составе самого собора нашлись лица, которые со всем жаром решились защищать лжеучение монофелитское. Таков был прежде всего патриарх антиохийский Макарий. До известной степени ему сочувствует, по крайней мере, в начале собора и патриарх константинопольский Георгий.
Осуждение Макария и изобличение его лжеучения было одним из важнейших дел собора, но этим борьба отцов собора с еретиками лично не ограничилась. Кроме этого главного ересиарха-монофелита, на соборе явились и некоторые другие, мыслившие по-монофелитски. Борьба с ними требовала также не мало труда и времени со стороны собора. На соборе обнаружились такие монофелиты, которые считали не нужным какие бы то ни было рассуждения религиозные об одной и двух волях во Христе, и полагали незаконным осуждать как тех, кто учит об одной воле, так и тех, кто учит о двух волях. Во главе этих монофелитов стоял епископ мелетинский Феодор, называвший себя "человеком деревенским". Этих лиц, отделяющихся от общения с остальным собором, сначала сочли за сторонников Макария, но оказалось, что они стояли особо, составляли отдельную партию. Партия эта недолго отделялась от собора. После того как произошло на соборе сличение первого свитка Макариева, которое обнаружило неосновательность монофелитства, епископы и клирики, принадлежавшие к этой партии, объявили себя стоящими заодно с собором православных и, подав собору свое "исповедание веры", они действительно воссоединены были с Церковью.
К концу соборной деятельности отцам собора пришлось иметь дело с отдельными монофелитами, которые по своей воле представлялись на соборе и хотели защищать лжеучение.
Таков был монах Полихроний, которого справедливо деяния называют человеком "детского и сумасбродного ума" и "глупейшим". Подробности события состоят в следующем. Один из епископов собора заявил, что один монах Полихроний желает войти на собор и изложить свою веру. Собор соизволил на это предложение. Полихроний вошел. От него потребовали, чтобы он исповедал свою веру в домостроительство воплощения Иисуса Христа. В ответ на это Полихроний сказал: "Я дам свое исповедание на гробе мертвеца, с призыванием Сына Божия, чтобы Он воскресил мертвеца; если же мертвец не встанет, то собор и император пусть делают со мной, что угодно!" Собор сказал, что ему необходимо знать, какое именно исповедание веры положит Полихроний на мертвеца. На это Полихроний сказал: "Я положу мое исповедание поверх мертвеца, и тогда вы его прочтете". Собор распорядился, чтобы был приготовлен мертвец, над которым Полихроний должен был сделать свой странный опыт. Тогда он передал собору свою хартию, запечатанную печатию и заключавшую его исповедание, прибавив: "В этом моя вера, так вразумил меня Бог". Хартия была, однако ж, прочтена и заключала в себе описание каких-то галлюцинаций престарелого монаха. В хартии читалось: "Я, Полихроний, поклоняюсь императору Константину так, как бы я был в его присутствии. Видел я (в видении) множество мужей в белых одеждах и в средине их мужа, о доблести которого я не могу рассказать, который говорил мне: "Он (император) устрояет новую веру, поспешай, скажи императору, чтобы он не выдумывал новой веры и не принимал". И когда я шел из города Ираклии в Хризополь и остановился под палящим солнцем, видел я мужа страшного, очень блистающего. Он стал против меня, говоря: "Кто не исповедует одной воли и богомужного действия, тот не христианин". Я сказал: "Это именно предопределил император Константин: одна воля и одно богомужное действие". Тот сказал: "Очень хорошо и богоугодно". На вопрос собора: сам ли Полихроний писал эту хартию, он отвечал, что это писано его собственною рукой. Затем происходил самый акт воскрешения мертвеца. Собор, сановники и многочисленный народ собрались на площади, которая находилась пред одной народной банею; на богатых посеребренных носилках положен был мертвец. Полихроний возложил на труп свое исповедание веры, которое представлено было собору, и ждал воскресения умершего, но тщетно. Проходили часы, а мертвец оставался недвижим. Напрасно Полихроний стал нашептывать мертвецу, чудо не совершалось. Тогда Полихроний всенародно объявил: "Я не могу воскресить мертвого". Присутствовавший народ с негодованием кричал: "Анафема новому Симону (волхву), анафема обольстителю народа". Собор возвратился назад, во дворец, где происходили его прежние заседания. Полихроний был посрамлен. Лживость его уверений открылась воочию всех. Однако ж, упорный монах и теперь остался упорствующим в своем нечестии. Ибо когда собор спросил его после всего случившегося: "Пусть Полихроний скажет, исповедует ли он две естественные воли и два естественные действия во Христе", упорный отвечал: "Как говорится в хартии, которую я подал и положил на мертвеца, так я верю в одну волю и одно богомужное действие, а другого ничего не говорю". После этого собор изрекает свой суд над Полихронием, "соблазнителем и обольстителем народа и явным еретиком", он лишен был священного сана, которым был облечен.
