Ему известно было, что св. Кирилл из всех епископов был самым искусным, сильным и твердым в прениях; посему он ничего не опускал, чтобы уменьшить его авторитет и сделать подозрительным; старался даже оклеветать его как преступника; говорил, будто он, св. Кирилл, вооружился против него золотом, т. е. подкупил тех, которые отделились от Нестория. Об анафемах св. Кирилла, между прочим, говорил, что в них содержится учение погрешительное. Это мнение Нестория разделял и друг его, Иоанн антиохийский. Последний оскорбился ими и думал, что св. Кирилл, восставая против Нестория, впал в другую крайность – в ересь Аполлинариеву. Посему он препоручил двум знаменитым епископам своей епархии: Андрею самосатскому и Феодориту кирскому, написать ответ на соборное письмо св. Кирилла. Таким образом, еретическое учение Нестория сверх авторитета своего виновника снискало себе знаменитых защитников в Иоанне антиохийском, Андрее самосатском и Феодорите кирском, которых почитали тогда славными учителями Церкви. Но что более всего надмевало и ободряло Нестория, – так это сильное покровительство двора. Несмотря, впрочем, на быстро возрастающую силу зла, ревность св. Кирилла не охладевала: он, как добрый воин Христов, неутомимо подвизался за истину. Увидев вышедшие против себя сочинения, он скоро издал своих три: в первом из ни защищался от притязаний Андрея самосатского, во втором опровергал Феодорита кирского, третье сочинение противоположено речам Нестория, произнесенным против Прокла. Но ужасное зло уже достигло крайней степени; соблазн распространился по всему Востоку и Западу; всеобщее волнение колебало умы и сердца христиан; потрясенная Церковь близка была к раздроблению на части; мирное стадо Христово готово было разделиться. Все с нетерпением ожидали Вселенского собора и с надеждою устремляли взоры свои на Ефес.
Приближался день Пятидесятницы, и представители христианства отовсюду начали съезжаться в Ефес. Св. Кирилл александрийский, в сопровождении 40 египетских епископов, прибыл сюда за 5 или за 6 дней до праздника. Около сего же времени прибыл и Несторий. Его сопровождали 10 епископов, охранные воины и два вельможи: Кандидиан и Ириней, из коих первый, начальник преторианской стражи, был послан императором для сохранения тишины и порядка во время соборного заседания, а последнего влекла в Ефес одна дружба с Несторием. Спустя пять дней после Пятидесятницы, прибыл Ювеналий иерусалимский с палестинскими епископами, вскоре за ним – Флавиан фессалоникийский с епископами македонскими. Но Иоанн антиохийский со многими сирскими епископами и митрополитами находился еще в пути. За пять или за шесть дней своего прибытия он прислал к св. Кириллу письмо, в котором изъявлял ему великую дружбу и нетерпеливое желание с ним видеться. "Много потерпевши, – писал он, – в 30-дневном пути я, наконец, по твоим молитвам, стою пред вратами. Молись за нас, чтобы нам через пять или шесть дней благополучно окончить путь и прийти в твои объятия, муж святый и любезный". Вместе с сим письмом прибыли в Ефес два митрополита из спутников Иоанна. Когда св. Кирилл и другие епископы спросили у них о причине медлительности Иоанна, то они отвечали: "Он велел сказать, что если промедлите далее 6 или 7 дней, то не откладывали бы собора, а делали, что нужно".
Между тем, прошло 15 дней после срока, назначенного императором: более 200 епископов собралось из различных областей. Многим из них не позволяли долее медлить издержки; многие сделались нездоровыми; некоторые даже умерли в Ефесе. Все роптали на медленность Иоанна и многие явно говорили, что он не хочет присутствовать на соборе, из опасения, чтобы при нем не осудили его друга и одноземца. Все это расположило св. Кирилла приступить скорее к открытию собора, – и он назначил собраться всем епископам 22 июня в большом храме Пресвятой Богородицы.
21 июня 431 г. посланы были к Несторию 4 епископа просить, чтобы он явился в следующий день на собор. Несторий отвечал им: "Подумаю, и, если мне заблагорассудится, приду". Между тем, желая, вероятно, составить свой отдельный собор, послал к Мемнону, еп. ефесскому, просить, чтобы для него отворили церковь св. Иоанна. Но Мемнон отказал ему в этом, зная, что от сего может прийти в волнение народ, который смотрел на Нестория, как на явного еретика.
Собор открылся 22 июня в храме Пресвятой Богородицы. Первое заседание открыли 148 епископов. Посреди храма, на возвышенном троне, положили Евангелие, как знамение присутствия Самого Иисуса Христа. Вокруг Него составилось избранное общество благочестивых епископов, из коих каждый занял место, смотря по важности занимаемого им престола. Так как епископ римский был в отсутствии, а константинопольский был обвиняем, то св. Кирилл, как старший из всех присутствующих епископов, по занимаемому им престолу и личным достоинствам и заслугам, занял первое место на соборе, с правами председателя. Феодот, епископ анкирский, предложил, чтобы сам Несторий явился в собрание, и чтобы с общего согласия рассматривались дела веры. Тут встали 4 епископа, посылаемые к Несторию, и объявили ответ его: "Подумаю, и если мне заблагорассудится, приду". Флавиан филиппийский предложил, чтобы в другой раз послали епископов просить Нестория на собор; вследствие чего отправлены были к Несторию еще 3 епископа, которые, возвратившись, донесли следующее: "Мы, пришед к дому Нестория и увидевши около него множество вооруженных воинов, просили, чтобы кто-нибудь доложил ему о нас. Нам отвечали, что он спит и не велит никого пускать к себе. Мы спрашивали, что нам отвечать собору, от которого мы посланы: некоторые из клириков, вышедши на порог, отвечали нам то же, что и воины. Когда же мы настоятельно требовали ответа от самого Нестория, то вышел Флоренц, трибун, и, велевши нам подождать, пошел за ответом. Наконец, вышел с некоторыми клириками и сказал: "Я сам не видал Нестория, но он велел сказать, что придет на собор тогда, когда все епископы соберутся". Хотя из сего ответа можно было уже видеть, что Несторий не хочет явиться на собор, но, следуя порядку суда церковного, свв. отцы собора послали в третий раз 4 епископов с письменным приглашением, в котором говорили: "Св. собор терпеливо ожидает твоего прибытия; если же и теперь не придешь оправдаться пред ним в еретических предложениях, проповеданных тобою публично в константинопольской церкви, то знай, что он поступит с тобою, как повелевают каноны свв. отцов". Но это кроткая внимательность св. собрания к вероотступнику оказалась напрасною. Тревожимый преступною совестию, он укрывался под защитою вооруженных воинов и не допускал к себе никого из собора, так что посланные епископы принуждены были возвратиться без всякого ответа. Свв. отцы собора, видя такое упорство Нестория, приступили к исследованию дела.