Ревностные последователи Нестория собрали его речи, расположили их по порядку и занумеровали. Они скоро начали распространяться во всех провинциях восточных и западных; дошли даже до Рима, впрочем, без имени автора. Скоро произошло волнение в умах: многие начали сомневаться, не обманываются ли они, почитая И. Христа Богом; некоторые уже решились не называть Его Богом; иные даже не терпели, чтобы другие так Его называли и усвояли Ему имя Сына Божия только в том смысле, в каком оно может быть усвоено и всем людям святой жизни. Итак, зло, возникши в Константинополе, быстро разливалось по всем концам христианского мира, и заражало слабые и легковерные умы. Но Бог хранил Своих верных. Он избрал в Александрии сильного защитника истинной веры, долженствовавшего славно победить врагов ее. Это был св. Кирилл, епископ александрийский.
Некоторые из египетских монахов пришли к св. Кириллу и уведомили его, что ересь, которой учителем почитают Нестория, проникла в свв. обители Египта и возмутила покой мирных пустынников; что многие из них, забыв простоту евангельскую, вдаются в суемудрые прения, колеблются сомнением, подлинно ли И. Христос есть Бог, а другие прямо говорят, что Он только орудие или сосуд божества, Богоносец. Столь неожиданное и горестное известие сильно поразило св. Кирилла. Несторий, от которого он ожидал так много полезного для Церкви православной, оказался еретиком и врагом ее. Опасное состояние монастырей египетских требовало скорой помощи, и св. Кирилл написал окружное послание к пустынникам. В нем говорит, что простым людям (каковы были большая часть пустынников) приличнее бы было совсем не касаться таких предметов, которые темны и для просвещеннейших мужей. Но так как уже зло распространилось, то он почел за нужное наставить их, не входя, однакож, в споры. "Удивляюсь, – продолжает он, – как можно спрашивать о том, должно ли называть Св. Деву Матерью Божией? Ибо если И. Христос есть Бог, то почему же Св. Дева, Матерь Его, не есть Матерь Божия? Так верить заповедали нам апостолы, хотя сами они и не употребляли слова: Богородица. Так учили наши отцы, и в особенности блаженной памяти Афанасий", из которого св. Кирилл и приводит два места. Это послание скоро дошло до Константинополя, где св. учитель имел ходатаев по делам своей Церкви, и принесло там большую пользу. Многие даже из первых становников писали к св. Кириллу и благодарили его за наставление. Но Несторий чрезвычайно оскорбился этим посланием. Поручив отвечать на него священнику Фотию, одному из своих приверженцев, он стал изыскивать средства повредить доброй славе св. Кирилла, в котором уже предвидел страшного своего противника. Некоторые александрийцы, осужденные св. Кириллом за различные преступления, согласились содействовать злым намерениям Нестория: начали распускать слух, будто св. Кирилл худо управляет Церковью, домогается сделаться самовластным, возбуждает возмущения против императорских чиновников и держится секты манихеев. Эти клеветы Несторий старался довести до сведения императора, и, вероятно, успел в том, потому что император с того времени не совсем выгодно стал думать о св. Кирилле.
Между тем, св. Кирилл, не теряя надежды исправить Нестория, написал к нему увещательное письмо. Так как Несторий жаловался первоначально на письмо св. Кирилла к египетским пустынникам, то св. Кирилл в письме к Несторию так говорил: "Споры начались не от письма моего, но от гибельных сочинений, тобою или кем другим повсюду рассеянных. Сии сочинения произвели такой беспорядок в Египте, что я нашелся вынужденным употребить это средство. Посему нет для тебя никакой причины жаловаться на меня. Не ты ли сам виновник сих возмущений! Перемени свои выражения и назови св. Деву Богородицею, дабы тем прекратить общий соблазн. Впрочем, будь уверен, что за веру И. Христа я готов претерпеть все, даже узы и смерть".
Несторий написал краткий ответ, в котором говорит: "Опыт покажет, какие плоды произойдут от нашего спора!"
Церковь константинопольская была в бедственном состоянии. В то время жил в Константинополе епископ, по имени Дорофей, человек корыстолюбивый, льстивый и отважный. Однажды в церкви, при многочисленном собрании народа, когда Несторий сидел на епископском месте, Дорофей взошел на кафедру и так сказал: "Кто говорит, что Мария есть Матерь Божия, да будет анафема!" Православные испустили громкий вопль и выбежали из церкви, не желая сообщаться с теми, которые проповедуют столь нечестивое учение. Несторий же не только не упрекнул за это Дорофея, но и допустил его к принятию св. таин. Многие священники константинопольские отделились от Нестория, иные явно, другие тайно. Несторий, чтобы не слышать возражений против нового учения, запретил им говорить с кафедры. Народ, лишенный возможности слышать в церкви благочестивое наставление своих пастырей, кричал: "Есть у нас император, но нет епископа". За это одних хвалили и заключали в темницу, других, которые явно укоряли Нестория в церкви, также жестоко наказывали. Некоторые монахи, осмелившиеся прийти в дом к Несторию и представлять ему, сколь опасно его учение, были преданы светской власти, и подвержены жесточайшим мучениям. Так Несторий свирепствовал в Константинополе. Защитники веры обратились к императору, который, хотя и был предубежден в пользу Нестория, но имел кроткую душу и сердце богобоязненное, всегда доступное мольбам угнетенной истины. Кратко изложив пред ним свое учение, описав свои страдания, православные умоляли его не подвергать Церкви столь опасной ереси, какую проповедует их патриарх. "Заклинаем тебя, – говорили они, – созвать Вселенский собор, чтобы опять соединить Церковь и остановить ужасные успехи заблуждения. Если ты презираешь нашу просьбу, мы будем вопиять к Царю царей, Который придет судить живых и мертвых, что мы невинны в бедствиях, которые отсюда могут произойти".