Слух о достоинствах Нестория дошел и до императора Феодосия младшего, который и избрал его на место Сисиния, епископа константинопольского. Слава Нестория предварила его прибытие в Константинополь. Жители этого города, еще помня любимого ими Иоанна Златоуста, который пришел к ним также из Антиохии, и надеясь найти в Нестории нового Златоуста, с радостию нарекли его своим пастырем. Но, между тем, как и император, и двор, и народ устремляли на него взоры, исполненные радостной надежды, благочестивый затворник Далмат предостерегал верующих от приближающихся бедствий. "Блюдитесь, – говорил он пришедшим поздравить его с новым патриархом, – блюдитесь, братие, ибо нам предстоит теперь опасный соблазнитель, который многих заразит своим вредным учением". И, действительно, Несторий не замедлил оправдать предсказание прозорливого отшельника.
В самый день своего вступления на престол патриарший Несторий, в присутствии двора и народа, говорил речь, и в ней сделал такое воззвание к императору: "Государь, дай мне землю, очищенную от еретиков, и я воздам тебе небо; помоги мне истребить еретиков, и я воздам тебе небо; помоги мне истребить еретиков, и я помогу тебе истребить твоих врагов-персов". Многим из народа, для которых ненавистны были еретики, понравилась столь пламенная ревность к православию; но других, которые по словам умели угадывать свойства души и образ мыслей, испугала столь решительная самонадеянность. Ариане, новатиане, аполлинаристы и другие еретики, действительно, скоро испытали всю жестокость гонения от Нестория; но, поражая еретиков, Несторий не упускал из виду и православных, только не вдруг осмелился коснуться их; таил несколько времени свою ересь в темных и двусмысленных выражениях. Учение, в котором воспитаны были верующие константинопольские, сильно говорило против него и не давало ему открыть прямо свой образ мыслей. Надобно было приготовить их к тому, и Несторий решился сперва не сам от себя объявить свою ересь, а возложить это дело на священника Анастасия, прибывшего вместе с ним из Антиохии, которого он уважал и пользовался его советами. Анастасий, опасаясь оскорбить слух верных открытием Несториева лжеучения во всей его наготе, не устремился против И. Христа, а напал на имя Богородицы. Так однажды, проповедуя в церкви константинопольской, он сказал, чтобы никто не называл св. Марии Матерью Божиею: ибо Она была человек, а Бог не мог родиться от человека. К подтверждению сего учения он привел и доказательства; но, несмотря на то, верующие сильно оскорбились его речью; многие из клира и народа вслух говорили, что это учение совершенно новое для них, что они соблазняются, слыша сначала противные тем, в которых воспитаны. Впрочем, этот первый вопль древней веры против нововведений не остановил Нестория. В праздник Рождества Христова он сам взошел на кафедру защищать свое учение. Приведши слова апостола Павла: "Понеже человеком смерть бысть и человеком воскресение мертвых" (I Кор. XV, 21), он продолжал: "Послушайте св. Павла, если сомневаетесь, как называть Марию: Богородицею или человекородицею. Если бы Бог имел матерь, тогда были бы правы и язычники, коих боги родились от матерей; тогда бы и апостол Павел солгал, сказав о божестве И. Христа: без Отца, без матери, без родословия (Евр. VII, 3). Нет, Мария не Бога родила; родившееся от плоти плоть есть; тварь не могла произвести Творца, но родила человека, орудие божества".
Когда, таким образом, Несторий старался утвердить свое лжеучение, Евсевий, адвокат константинопольский, хорошо наставленный в догматах веры, восстал из среды народа и, одушевляемый святою ревностию, произнес вслух: "Само вечное Слово родилось во второй раз по плоти от жены". Народ смутился: люди более просвещенные хвалили смелый поступок Евсевия; другие же, напротив, рассердились на него и укоряли его в нескромности. Несторий, поддерживая сторону последних, произнес еще речь. В ней, будто желая опровергать ариан и македониан, на самом деле старался опровергнуть учение православное, утверждая, будто не должно говорить, что Слово родилось от Марии или умерло, а только человек, в котором было Слово. Вскоре явилось на публичном месте города воззвание к епископам, пресвитерам, диаконам, чтецам и всем мирянам константинопольским, написанное тем же Евсевием. В нем Несторий прямо назван еретиком; противопоставлен его учению символ антиохийский, в сущности совершенно согласный с никейским; приведены против Нестория мнения святого Евстафия, епископа антиохийского, присутствовавшего в никейском соборе, и таким образом доказано, что Несторий отступил от преданий той Церкви, в которой был воспитан.
Несторий старался внушить свое учение двору и императору и тем преклонить их на свою сторону; народ приучал к новому учению частыми проповедями, и, без сомнения, таковые усилия не всегда оставались тщетными, особенно если к ним присоединить разного рода обольщения, употребляемые Несторием, а иногда угрозы и насилия. Многие слабые души, или из каких-нибудь корыстных видов, или по малодушию и недостатку искренней преданности вере, присоединились к сильной стороне патриарха; но и вера древняя и истинная не оскудевала в защитниках. Прокл, еп. кизикийский, в присутствии самого Нестория, говорил проповедь о воплощении, и в ней сильно поддерживал православное учение. Утверждал, что Сын Марии не простой только человек, но и Бог истинный; что правильно говорят: Бог пострадал, Бог умер; что святую Деву должно называть собственно Материю Божиею, Богородицею, и что тут нечем глумиться язычникам и нечего злословить арианам. Несторий жестоко оскорбился этой проповедью, тем более, что она была прекрасно составлена и заслужила большое одобрение у слушателей. Было обыкновение: если священник или младший епископ говорил проповедь в присутствии главного епископа, то последний прибавлял от себя что-нибудь в наставление народа. Несторий, воспользовавшись этим обыкновением, взошел после Прокла на кафедру и стал опровергать его. Какой соблазн для верующих. Сам патриарх стал попирать истинную веру, которой долженствовал быть первым защитником. Он еще прикрывал себя личиною верности к православию, порицал ариан, аполлинаристов и других еретиков. Но сквозь этот тонкий покров можно было ясно видеть его преступное намерение – ниспровергнуть древнюю, истинную веру и ввести свое новое ложное учение. Он и сам неосторожно обнаружил это намерение, сознавшись, что его учение, кажется, противно учению других учителей Церкви. После этого он говорил еще три речи, будто против Ария, Аполлинария и других еретиков, но в самом деле против Прокла, которого, впрочем, не называл в них по имени.